Keďže základný zmysel holistickej medicíny nesmie byť limitovaný v poznávaní, príčiny ochorení hľadá aj vo vzťahu k tomu, čo nazývame duchovnosť. Duchovná oblasť nie je zatiaľ prístupná štandardným vedeckým metódam, preto je poznávanie závislé na empirických poznatkoch. Závery však naznačujú, že choroba je často ukazovateľom toho, že človek robí niečo nesprávne. Choroba je z duchovného pohľadu dôležitým medzníkom v rozhodnutí chorého o náprave v jeho dovtedajšom živote. Rozhodnutie môže byť chápané aj ako selektívny mechanizmus vo vývoji, teda nesprávne rozhodnutie smeruje k progresii choroby, utrpeniu a smrti, kým správne rozhodnutie smeruje k vyzdraveniu či zmierneniu utrpenia. Tento fakt treba chápať ako trend, nie ako negativizáciu či stigmatizáciu postihnutých akoukoľvek chorobou.
Choroba je vždy strata, ale aj prínos. Prínos v stimule poznávania a pokroku, v selekcii kvality jedincov v prežívaní somaticky silnejšieho, selekcia v uvedomelosti a duchovného pokroku (proti egoizmu, chamtivosti, konzumu a pod.). Strata predovšetkým v utrpení a smrti. Nie vždy je jednoduché a jednoznačné, čo prevažuje v konkrétnej chorobnosti z uvedených faktorov prínosu a straty.
Jednou z účinných metód ako diagnostikovať stupeň uvedomelosti u postihnutých chorobou je zhodnotenie ich reakcie na systémovú pomoc samotným postihnutým, a to nasledovne.
Ak systémovú pomoc postihnutí chorobou odmietnu, budú k nej ľahostajní alebo ju egoisticky využijú či zneužijú, nie je spravodlivé v tejto systémovej pomoci pokračovať, pretože by išlo o pomoc, ktorá posilní zlo. V opačnom prípade dôjde k poškodzovaniu až zničeniu tých, ktorí tú pomoc poskytujú, čo nie je účelom vývojových princípov. Ak nie je pomoc vyvážená rovnocennou hodnotou skutku, hoci aj nemateriálnou formou (napr. vďačnosťou, úctou a pod.), pomoc sa stáva kontraproduktívnou.
Aj vyššie prírodné princípy spočívajú v prísnej rovnováhe, aj keď v sofistikovanej a časovo nepredvídateľnej podobe. V takomto prípade je choroba vývojový „očistný“ proces, teda selektívny mechanizmus. Ak sa k systémovej pomoci aktívne zapoja postihnutí, je zodpovedné ekvivalentné zadosťučinenie.
Tento princíp je v podstate čiastočne obsiahnutý aj v logike právneho aktu tzv. informovaného súhlasu k liečbe, ktorým pacient udeľuje dobrovoľný súhlas k jeho liečbe konkrétnym lekárom, ktorý nemôže akokoľvek dobromyselne pomáhať postihnutému proti jeho vôli. Výnimkou je bezvedomie či nesvojprávnosť postihnutého.
Známe príslovie čínskej tradičnej medicíny:
"Neexistujú nevyliečiteľné choroby, existujú len nevyliečiteľní pacienti."